當水中含有油脂時，隨過濾的進行，油脂成份會覆蓋膜表面，從而有可能堵塞微細孔，因此原水不要含有過多的油脂，在N-HEX 值（正已烷提取物）超過50mg/L 的情況下要進行氣浮除油，降到50mg/L 以下。

在含有礦物質油的情況下，有可能對膜產生更惡劣的影響，因此在有礦物質油存在時，N-HEX值應降到3mg/L 以下后方可使用膜組件。

在MBR運轉初期，污泥起泡時，需加入消泡劑。此時請使用高級乙醇系列消泡劑，硅油系列消泡劑不能使用。這是因為硅油系列消泡劑被吸附到膜表面時，會加快膜間壓差的上升，而且硅油引起的壓差上升，屬不可逆的膜污染，無法恢復，所以嚴格杜絕使用硅油系列消泡劑。

當原水中含有較高濃度的鈣鎂離子時（工業廢水），應根據實際情況適當增大生化停留時間，并將反應器設置為推流式，膜池一般置于推流池的最末端，以盡量減少其在膜表面結垢。并且膜池內廢水pH 應維持在偏酸性，以減緩結垢。