水霉病一般以預防為主，特別需要注意在拉網、捕撈和運輸時盡量防止損傷魚體和被寄生蟲咬傷，及時消毒以抑制水霉病的發生。在水霉病的高發期防魚體受傷和受傷后及時處理防細菌感染是防控水霉病的關鍵措施，同時調好水體環境，提高溶氧，加強內服，補充營養，增強體質，即使患病恢復的也快。
很多時候導致魚類死亡不僅是水霉，往往是真菌、細菌和病毒聯合感染，加上魚體抵抗力差、免疫力低，一旦發病往往會導致細菌性疾病等繼發性感染,如隨后出現出血病、爛鰓病等，要及時采取應對措施做好后續防治。
參考預防措施：
1.在放苗前做好池塘清淤工作并徹底消毒；
2.魚苗放養時浸洗消毒；
3.在養殖中后期加強飼養管理，提高機體抗病力；
4.越冬前，使用草本驅蟲凈，做好最后一次殺滅寄生蟲工作，盡量不讓殘存的寄生蟲留存下來越冬；
5.在拉網過程中，準備工作做充分，注意把控運輸時間和密度，及時消毒；
6.適時肥水培菌培藻，細菌藻類的繁殖會對水霉菌有一定抑制作用；
7.拉網或放苗前潑灑抗應激產品

當水霉病確診后，應選用對真菌有殺滅抑制作用的藥物而不是選擇常用的殺菌藥物，及時使用針對水霉病的中藥產品百草霉凈，稀釋后全池均勻潑灑，每袋6畝/米水深，根據實際情況調整用量，病情嚴重時，可連續使用2次或多次，可配合聚維酮碘外潑，同時拌料內服5-7天出雪爛鰓康以防止細菌繼發感染。如果條件允許的話，在用藥期間想辦法提高水溫，增強藥品的效果，在使用百草霉凈治療水霉時，應該選擇晴天上午到中午。