定組織機構與職責；制定目標、指標、環境管理方案；確定哪些環境活動需要制定運行控制程序。
第四，編制體系文件。ISO14001環境管理體系是一個文件化的環境管理體系，需編制環境管理手冊、程序文件、作業指導書等。
第五，運行環境管理體系。環境管理體系文件編制完成，正式頒布，就標志著環境管理體系已經建立并投入運行。
在體系運行期間，為審查組織的環境管理活動是否已按環境管理體系文件的規定進行，環境管理體系是否得到了正確的實施和保持，為確定體系的持續適用性、充分性、有效性，組織應組織內部審核和管理評審。
貫穿這些工作始終的另一項重要工作是全員培訓。建立和實施環境管理體系強調全員參與。建立和實施環境管理體系的任何一個環節，都有賴于全體人員共同努力，任何一個員工都不可能游離于體系之外，為使他們都能理解并以實際行動支持體系的建立和運行，組織必須進行充分的培訓，內容從ISO14001標準，到環境方針，到適用法律法規，到個人職責，到重要環境因素，到體系文件，到作業指導書，到運行記錄……
如果組織在建立和實施體系的過程中，需要人員培訓和技術支持，可以向環境管理體系咨詢機構尋求幫助。按照我國規定，ISO14001環境管理體系咨詢機構必須在國家環保總局科技司注冊備案。