養殖業廢水屬于富含大量病原體的高濃度有機廢水，直接排放進入水體或存放地點不合適，受雨水沖洗進入水體，將可能造成地表水或地下水水質的嚴重惡化。由于畜禽糞尿的淋溶性很強，糞尿中的氮，磷及水溶性有機物等淋容量很大，如不妥善處理，就會通過地表徑流和滲濾進入地下水層污染地下水。

2、 人工厭氧處理法厭氧處理或稱沼氣工程自20世紀50年代以來已開發出多種處理技術，主要是以提高污泥濃度和改善廢水與污泥混合效果為基礎的一系列高負荷反應器的發展來處理廢水。厭氧處理的特點是占地少、能量需求低，還可以產生沼氣，處理過程并不需要氧，具有較高的有機物負荷潛力，能降解一些好氧微生物所不能降解的部分。目前國內豬場廢水處理主要采用的是上流式厭氧污泥床及升流式固體反應器工藝。經厭氧處理后的污水，若有可供利用土地的條件下能夠作為液態有機肥還田，但是往往排放量比較大，運輸、施用都不太方便，一般情況下須經多級好氧處理后達標排放為宜。